1、本作的主人公詹姆士（James）某天突然收到一封神秘信件，署名竟然是3年前已故的爱妻玛丽（Mary），信中叫他去寂静岭曾经属于他们俩的特殊地方（Special Place）。满怀期望和疑惑的詹姆士驾车来到寂静岭，希望能找到事情的真相。此时的寂静岭已经被大雾所包围，怪物的出现和潜意识里片段记忆的浮现更是让詹姆士的内心不安。历经几翻周折后，詹姆士终于来到了妻子在信中提到的“Special Place”所在地-----Toluca湖畔Lakeview Hotel的302室，这里也是他们新婚蜜月旅行时住的地方。
2、在这里，他从一盘录像带中看到的影象，将他来到寂静岭之后所苏醒的潜意识里的片段记忆串联起来，原来3年前身患绝症妻子玛丽并没有马上死去，而是自己内心认定妻子已经死了，并且强迫性的忘却妻子的死因。而现在他全都记起来了。詹姆士也是因为潜意识中的“犯罪感”，来到了寂静岭。由于当时妻子病倒在床上，詹姆士天天去医院照顾她，但妻子的病情逐渐恶化，情绪也变的很暴躁，经常指责詹姆士。
3、开始的时候，詹姆士因为深爱着妻子，所以处处忍让，长期下来他的精神陷入了极度压抑之中，加上住院期间医药费造成的承重的经济负担，詹姆士再也忍受不了这种精神上的折磨，看着被病魔折磨的面容枯槁的妻子，他认为妻子的死只是时间的问题，于是产生了让妻子安乐死的念头。这样可以结束彼此的痛苦和折磨。但他怎么也不忍心杀害自己一直深爱的妻子。徘徊在道德和现实的矛盾之间，詹姆士最终选择了离弃妻子，因为不想受到良心上的谴责，就强迫自己忘却这段记忆，内心也认定妻子已经死亡。
4、此时身处医院的玛丽内心也很矛盾，她不想再这样拖累丈夫，想一死了之，但是又渴望得到丈夫的呵护。詹姆士走后，她天天都在病床上期盼着能再见到詹姆士，可惜他再也没有出现。病入膏肓的玛丽临死前留下了两封信。一封是给詹姆士的，希望他明白自己的心意；另一封是给病中好友劳拉的，希望她不要过多的指责詹姆士。詹姆士认为是自己在妻子最需要他的时候而离弃妻子，是自己对妻子的不忠才导致妻子死亡的，从而潜意识里不断的自责，“罪恶感”也随即产生。
5、游戏中詹姆士遇到玛丽亚（Maria），一个长相酷似妻子的女子，但她一身耀眼的红色装扮和性感开放的个性，加上富有挑逗性的语言和动作，都和妻子形成鲜明的对比。这也是詹姆士潜意识中所需要的完美妻子的形态。而一直追杀玛丽亚和自己的三角头怪物（Pyramid Head），也是詹姆士潜意识中“犯罪感”的一种体现，所以他也一直杀不死这个怪物。每次三角头怪物出现都在做跟性有关的事情：强奸或性虐待。这是由于妻子从生病一直到现在，詹姆士都是过着单身生活，作为正常男人生理上必然会产生了性压抑和性幻想。攻击詹姆士，是因为他一直想惩罚自己的潜意识；而攻击玛丽亚，是因为他一直认为是自己害死的玛丽。
6、而最后与三角头怪物的决战，表示詹姆士潜意识中的“犯罪感”已经逐渐在消除，他摆脱一直缠绕自己的精神束缚。除了玛丽亚，詹姆士在寂静岭还遇到了劳拉（Laura），艾迪（Endy），安吉拉（Angela）。劳拉是一个年仅8岁的小女孩，天真无邪的她心中没有任何罪恶，所以在寂静岭来回游走的她，从来不受怪物的骚扰。因为曾经和玛丽同住一间病房的时候，深受玛丽的照顾，所以对玛丽非常信任，也很喜欢玛丽。但后来玛丽病情恶化的时候，由于情绪变化很大，经常指责詹姆士，詹姆士最后离弃了玛丽。这些都被年幼无知的劳拉看在眼里，还一直认为是詹姆士对玛丽不好。
7、所以，在整个游戏里一直和詹姆士作对，而每一次都在加深他内心的痛苦，尤其是站在墙头说“其实你根本一点都不爱玛丽”的一幕，更是让詹姆士彻底的陷入自责中。而艾迪从小父母离异，没有家庭温暖的他，性格也变的很怪异。由于一直被别人嘲笑，内心非常自卑，长期的精神压抑，狂怒之下将嘲笑自己的人杀死，从而内心的罪恶感也产生，在寂静岭一次又一次的杀人场面重演，不断的刺激着安迪的潜意识。在内心痛苦挣扎的他，最终被詹姆士杀死，得到了应有的惩罚。
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