1.政策限制：在清朝末期，政府先后采取了一系列限制银行和商业活动的政策。比如，1900年发布的“限制美衡公司在内地经营规定”，规定外国银行不得在内地设立分行或代理，只能在自己领事馆内设立代理处；同时，政府还发布了《银行拟纲》，对银行进行新的限制规定，对徽商的经营带来了很大的影响。
2.内部矛盾：徽商联合体是以合作为前提的商业组织，但在不断壮大的过程中，成员之间的利益分配越来越不平衡，引发了一系列内部矛盾。同时，不同的徽商集团之间也存在矛盾，导致徽商联合体的团结和稳定受到破坏。
3.经营失误：部分徽商在商业经营上存在失误，如过度扩张、经营不善、挤占公款等。其中最为典型的是美国大通银行和芜湖徽商的合作失败案例。1887年，美商大通银行入股芜湖霉烂银号，计划在华南建立实力雄厚的银行联合体，但由于徽商在经营上的失误，合作失败，对徽商的形象造成了很大打击。
4.自然灾害：由于徽商所处的地理位置和农业经济的强烈依赖，自然灾害对其经营活动产生了很大影响。如1887年的旱灾，击垮了徽商的一些大型企业，包括合肥三和洋行和霉烂银号。
5.政治变动：政治变动对徽商的经营也产生了重大影响。如清朝末期的政治混乱，使得徽商的经营不稳定，同时政府的一些政策对徽商集团的经营带来了负面影响。1949年以后，新政府在改革和重建经济的过程中也对徽商进行了一系列的改革和整顿，进一步削弱了徽商的实力。
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