1、长时间放置食物滋生细菌。焖烧杯中适宜的温度和湿度容易引起细菌滋生，从而引起胃肠道功能失调，不建议食物，尤其是熟食长时间放置。所以使用焖烧杯烹饪的食物不建议长时间放置，尽早吃掉噢，以免引起疾病。
2、不能保证将食物煮熟。热力学定律告诉我们这个世界的能量是守恒的，而且热量只能自发的从高温物体传到低温物体。在这个杯子上的呈现就是，即便不考虑不能避免的散热问题，将食物煮熟的能量也只能来自于你倒进来的热水。因为没有外部热源，而且随着食材温度升高，热水温度降低，两者最后达到温度相同。
3、不适合宝宝食物的烹调。另外一个问题在于，儿童尤其是婴儿的消化能力还没有发育完全，因此食物烹调加工的另外一个重要目的——将食材改造的更容易消化吸收就很重要了，尤其是对于中国人这样不擅长生食的高级民族而言。
4、维生素损失较多：焖烧杯做的粥口感差些，但重要的是焖的时间长了，B族维生素损失较多，大米泡的时间越长，损失维生素越多。比如，小米中含的B族维生素比较多，比大米营养成分要丰富，加上小米不像大米柔软，需要浸泡的时间更长，所以维生素损失更多。有许多人喜欢用开水冲鸡蛋喝，但营养专家不建议这样做，因为突然一下降低温度，好多鸡蛋皮上的沙门氏菌都杀不死，最好还是蒸鸡蛋羹或者是煮鸡蛋。
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