1、制作万州烤鱼除了可用草鱼外，还可以选用鲤鱼、鲫鱼、花鲢、白鲢、 鱼、鳜鱼、鲈鱼等，不过在对鱼进行初加工时，均要求从鱼身背部肉厚处片开成相连的两半，这是为鱼肉的成熟度和入味度均匀。另外，烤鱼配料除了用常规的姜、葱、蒜等辛香料以外，还要加洋葱、芹菜、香菜等能增香除异的蔬菜原料，以及炸酥的土豆片和软糯的魔芋片做配料，这么添加可丰富菜肴的口感。
2、因万州烤鱼不追求鱼肉要带有炭烤果木的特殊香味，也不要求在炙烤过程中去刷油刷调味料，所以炙烤鱼肉这个环节也就只是一个把鱼制熟的过程。因此，只要能让烤鱼达到外皮酥脆、内里细嫩的口感效果，那无论是炭烤、烤箱烤，还是下锅油炸，应该说都可以。不过，所有的方式都需要用高火或高油温，都要求让鱼肉的外皮因失水而变得酥脆，同时内部还要保住水分使其尽可能地细嫩。
3、万州烤鱼的味道，多是孜然麻辣味，因此，其中的孜然粉不仅加得很重，而且需要在临出菜之前下锅，这样，孜然的味道才能充分体现出来。在烤鱼味料里边，虽然烤鱼香辣油占据着很大的比重，但成菜还是需要带少量的汤汁，其油水比例宜控制在7∶3。把油水控制在这个比例，既是为了防止加热时因温度过高而焦煳，也是为了便于鱼肉入味。
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